Zgodnie z zasadami stosowania zintegrowanej ochrony roślin zwalczanie chemiczne szkodników stosowane jest jedynie jako działanie uzupełniające. Jeśli jednak konieczne jest użycie pestycydów, należy przestrzegać następujących zasad:
- Stosować pestycydy selektywne, które nie są toksyczne (lub są toksyczne tylko w niewielkim stopniu) dla organizmów pożytecznych.
- Wykorzystywać selektywne sposoby aplikacji środków ochrony. Niektóre pestycydy można stosować w taki sposób, by nie powodować szkód wśród organizmów pożytecznych. Środki ochrony roślin podawać można przez linie kroplujące i podczas nawadniania. Inne sposoby aplikacji to otoczkowanie nasion substancją z dodatkiem środków chemicznych oraz ograniczenie stosowania pestycydów do okresu, gdy rośliny są jeszcze młode.
- Stosować pestycydy o krótkim okresie karencji. Niektóre z nich są wprawdzie zabójcze także dla organizmów pożytecznych, które w momencie oprysku znajdują się na roślinach, lecz ich pozostałości zalegają w uprawie jedynie przez krótki czas. Krótko po zastosowaniu (czasem zaledwie w ciągu 1-2 dni) można ponownie wprowadzić organizmy pożyteczne lub też poczekać, aż same spontanicznie przejdą z sąsiednich upraw.
- Upewnić się, że producenci materiału rozmnożeniowego nie stosują pestycydów o długim okresie karencji. Środki takie uniemożliwiają lub hamują rozwój organizmów pożytecznych.
- Należy unikać pestycydów o długim okresie karencji przed rozpoczęciem stosowania metod zintegrowanej ochrony roślin.
- Szczegółowe informacje dot. wpływu poszczególnych pestycydów na organizmy pożyteczne oraz czasu ewentualnego zalegania szkodliwych pozostałości substancji chemicznych można znaleźć w Przewodniku Koppert po Efektach Ubocznych. Przewodnik dostępny jest także w Internecie na stronie Koppert - Skutki Uboczne: Baza Danych On-line.
- Należy unikać nadmiernej ilości kurzu w uprawach, ponieważ hamuje on rozwój organizmów pożytecznych.
- Należy zdawać sobie sprawę, że stosowane na danym obszarze pestycydy lub ich opary mogą przedostawać się do upraw, w których wykorzystywane są biologiczne metody ochrony roślin. Może to mieć ujemny wpływ na populację organizmów pożytecznych. Podczas punktowego stosowania pestycydów należy w miarę możliwości osłonić zaatakowany obszar. Dobra komunikacja z sąsiadami w połączeniu z właściwymi działaniami (otwieranie/zamykanie wietrzników, unikanie oprysków w trakcie wietrznej pogody) mogą zmniejszyć negatywne skutki takich czynności.